Node 67
Ancestral DNA sequence:
Probabilities of bases and MPB (most probable base) at each site.
Site	A	C	G	T	MPB	Probability
1	1	0	0	0	A	1
2	0	0	0	1	T	1
3	0	0	1	0	G	1
4	1	0	0	0	A	1
5	0	0.01	0	0.98	T	0.98
6	0.01	0.74	0.01	0.24	C	0.74
7	0.82	0.06	0.1	0.02	A	0.82
8	0	0	0	1	T	1
9	0.1	0.21	0.17	0.52	T	0.52
10	0.01	0.19	0.01	0.79	T	0.79
11	0	0	0	1	T	1
12	0.15	0.52	0.03	0.3	C	0.52
13	0.22	0	0.78	0	G	0.78
14	0.98	0.02	0	0	A	0.98
15	0.03	0.27	0.03	0.67	T	0.67
16	0.98	0	0.02	0	A	0.98
17	0.71	0.09	0.18	0.03	A	0.71
18	0	0.83	0	0.16	C	0.83
19	0	0.05	0	0.95	T	0.95
20	0	0	0	1	T	1
21	0.93	0.01	0.05	0.01	A	0.93
22	0.07	0	0.93	0	G	0.93
23	0.66	0.22	0.07	0.05	A	0.66
24	0.39	0.16	0.32	0.13	A	0.39
25	0.01	0.03	0.96	0	G	0.96
26	1	0	0	0	A	1
27	0.29	0.03	0.61	0.07	G	0.61
28	0	0	0	1	T	1
29	0	0	0	1	T	1
30	0.01	0.29	0.01	0.7	T	0.7
31	0.07	0.89	0.01	0.03	C	0.89
32	0.98	0	0.02	0	A	0.98
33	0.12	0.01	0.86	0.01	G	0.86
34	0.06	0.7	0.06	0.18	C	0.7
35	0.32	0.1	0.44	0.13	G	0.44
36	0.07	0.41	0.12	0.4	C	0.41
37	0.25	0.07	0.55	0.13	G	0.55
38	0	0.01	0	0.99	T	0.99
39	0.03	0.2	0.03	0.73	T	0.73
40	0	0	0	1	T	1
41	0.27	0.01	0	0.71	T	0.71
42	0.02	0.33	0.02	0.64	T	0.64
43	0	0.99	0	0	C	0.99
44	0.01	0	0.99	0	G	0.99
45	0.09	0.39	0.1	0.42	T	0.42
46	0.28	0.08	0.58	0.05	G	0.58
47	0.81	0.06	0.11	0.02	A	0.81
48	0.24	0.27	0.28	0.2	G	0.28
49	0	0	1	0	G	1
50	0	0	1	0	G	1
51	0.29	0.19	0.3	0.21	G	0.3
52	0.69	0.24	0.04	0.03	A	0.69
53	0.7	0	0.3	0	A	0.7
54	0.49	0.14	0.22	0.15	A	0.49
55	1	0	0	0	A	1
56	1	0	0	0	A	1
57	0.97	0	0.03	0	A	0.97
58	0	0	0	1	T	1
59	0	0	1	0	G	1
60	0	0	1	0	G	1
61	0.01	0.98	0	0.01	C	0.98
62	0.99	0	0.01	0	A	0.99
63	0.09	0.04	0.84	0.03	G	0.84
64	0	1	0	0	C	1
65	0	0	1	0	G	1
66	0.01	0.79	0.01	0.19	C	0.79
67	0	0	0	1	T	1
68	0	0	1	0	G	1
69	0.01	0.3	0.01	0.69	T	0.69
70	0.71	0.01	0.28	0.01	A	0.71
71	0	0	0	1	T	1
72	0.25	0.11	0.5	0.13	G	0.5
73	0	0	1	0	G	1
74	1	0	0	0	A	1
75	0.1	0	0.89	0	G	0.89
76	0	0	1	0	G	1
77	0	1	0	0	C	1
78	0.07	0.5	0.07	0.35	C	0.5
79	1	0	0	0	A	1
80	0	0	0	1	T	1
81	0	0.8	0	0.2	C	0.8
82	0.89	0.01	0.09	0.01	A	0.89
83	0.99	0	0.01	0	A	0.99
84	0.09	0.41	0.09	0.42	T	0.42
85	1	0	0	0	A	1
86	1	0	0	0	A	1
87	0	0.88	0	0.11	C	0.88
88	0.61	0.26	0.08	0.05	A	0.61
89	0	0	0	1	T	1
90	0.02	0.66	0.02	0.29	C	0.66
91	0.15	0.07	0.75	0.03	G	0.75
92	0.77	0.1	0.08	0.04	A	0.77
93	0.27	0.27	0.25	0.21	C	0.27
94	0.49	0.09	0.02	0.41	A	0.49
95	0.68	0.18	0.11	0.03	A	0.68
96	0.02	0.41	0.02	0.55	T	0.55
97	0.99	0	0.01	0	A	0.99
98	0	0	0	1	T	1
99	0.01	0.7	0.01	0.29	C	0.7
100	0.55	0.25	0.15	0.06	A	0.55
101	0.95	0.01	0.04	0	A	0.95
102	0.24	0.08	0.57	0.12	G	0.57
103	0	0.98	0	0.01	C	0.98
104	0	0.98	0	0.01	C	0.98
105	0.15	0.32	0.17	0.37	T	0.37
106	0.01	0	0.99	0	G	0.99
107	0.81	0	0.19	0	A	0.81
108	0.01	0.41	0.01	0.57	T	0.57
109	0	0	1	0	G	1
110	0	0	0	1	T	1
111	0.25	0.14	0.42	0.19	G	0.42
112	0.65	0.01	0.28	0.05	A	0.65
113	0	0.67	0	0.33	C	0.67
114	0.07	0.35	0.18	0.41	T	0.41
115	0	0.08	0	0.92	T	0.92
116	1	0	0	0	A	1
117	0	0.19	0	0.8	T	0.8
118	0	0	0	1	T	1
119	0	1	0	0	C	1
120	0.19	0.26	0.3	0.26	G	0.3
121	0.91	0	0.09	0	A	0.91
122	0	0	0	1	T	1
123	0.06	0.39	0.06	0.49	T	0.49
124	0	0	1	0	G	1
125	0	0	1	0	G	1
126	0.05	0.49	0.05	0.42	C	0.49
127	0	0	1	0	G	1
128	1	0	0	0	A	1
129	0	0.02	0	0.98	T	0.98
130	0	0	0	1	T	1
131	0	1	0	0	C	1
132	0.36	0.1	0.42	0.12	G	0.42
133	0	1	0	0	C	1
134	0	0	0	1	T	1
135	0.01	0	0.99	0	G	0.99
136	0.28	0	0.72	0	G	0.72
137	0	0.06	0	0.94	T	0.94
138	0.13	0.31	0.12	0.44	T	0.44
139	0	0	0	1	T	1
140	1	0	0	0	A	1
141	0.01	0.29	0.01	0.69	T	0.69
142	0	1	0	0	C	1
143	0	0	1	0	G	1
144	0.01	0.9	0.03	0.05	C	0.9
145	0.09	0.6	0.22	0.09	C	0.6
146	0	0	0	1	T	1
147	0.09	0.18	0.2	0.53	T	0.53
148	0.06	0.05	0.87	0.02	G	0.87
149	0.82	0.09	0.07	0.02	A	0.82
150	0.38	0.1	0.43	0.09	G	0.43
151	0.5	0.01	0.48	0.01	A	0.5
152	0.35	0.5	0.06	0.08	C	0.5
153	0.1	0.39	0.1	0.4	T	0.4
154	0.06	0	0.94	0	G	0.94
155	0.21	0.01	0.77	0.01	G	0.77
156	0.12	0.43	0.1	0.35	C	0.43
157	0.41	0.13	0.34	0.12	A	0.41
158	0.03	0.83	0.03	0.12	C	0.83
159	0.24	0.31	0.18	0.27	C	0.31
160	0.23	0	0.76	0	G	0.76
161	0.15	0.44	0.32	0.09	C	0.44
162	0.27	0.26	0.28	0.19	G	0.28
163	0.24	0.35	0.21	0.2	C	0.35
164	0.8	0.04	0.11	0.05	A	0.8
165	0.38	0.12	0.41	0.1	G	0.41
166	0.08	0.74	0.06	0.12	C	0.74
167	0.08	0.84	0.02	0.06	C	0.84
168	0.3	0.16	0.41	0.13	G	0.41
169	0.22	0.13	0.63	0.02	G	0.63
170	0.83	0.06	0.09	0.03	A	0.83
171	0.15	0.35	0.18	0.32	C	0.35
172	0.03	0.05	0.91	0.01	G	0.91
173	0.18	0.64	0.12	0.06	C	0.64
174	0.36	0.11	0.43	0.1	G	0.43
175	0.05	0.49	0.12	0.35	C	0.49
176	0.21	0.05	0.14	0.6	T	0.6
177	0.21	0.06	0.64	0.1	G	0.64
178	0	0	0	1	T	1
179	0	0	0	1	T	1
180	0.03	0.43	0.04	0.5	T	0.5
181	0.05	0.04	0.89	0.01	G	0.89
182	0.61	0.07	0.06	0.27	A	0.61
183	0.26	0.27	0.35	0.12	G	0.35
184	0	0	1	0	G	1
185	0	0	1	0	G	1
186	0.11	0.41	0.12	0.36	C	0.41
187	0.95	0.02	0.02	0.01	A	0.95
188	0.99	0	0.01	0	A	0.99
189	0.12	0.5	0.07	0.3	C	0.5
190	0	1	0	0	C	1
191	0	0	1	0	G	1
192	0.02	0.79	0.02	0.18	C	0.79
193	0	1	0	0	C	1
194	0	0	1	0	G	1
195	0.03	0.39	0.03	0.55	T	0.55
196	0	0	0	1	T	1
197	1	0	0	0	A	1
198	0.01	0.34	0.01	0.64	T	0.64
199	0	0.01	0	0.99	T	0.99
200	0	0	0	1	T	1
201	0.01	0.31	0.01	0.68	T	0.68
202	0.04	0.03	0.93	0.01	G	0.93
203	0.99	0	0	0	A	0.99
204	0.13	0.2	0.2	0.48	T	0.48
205	0	0	1	0	G	1
206	0	0	0	1	T	1
207	0.03	0	0.96	0	G	0.96
208	0	0.99	0	0	C	0.99
209	1	0	0	0	A	1
210	0.01	0.14	0.01	0.85	T	0.85
211	0	0	0	1	T	1
212	1	0	0	0	A	1
213	0	0.81	0	0.18	C	0.81
214	0	0	0	1	T	1
215	0.86	0.01	0.12	0.01	A	0.86
216	0.01	0.9	0.04	0.04	C	0.9
217	0	0.98	0	0.01	C	0.98
218	0	0	0	1	T	1
219	0.24	0.17	0.36	0.22	G	0.36
220	0	0	1	0	G	1
221	0.93	0.03	0.03	0.01	A	0.93
222	0.32	0.18	0.46	0.05	G	0.46
223	0	0	1	0	G	1
224	0	0	1	0	G	1
225	0.37	0.11	0.4	0.12	G	0.4
226	0.08	0.63	0.15	0.14	C	0.63
227	0.98	0	0.02	0	A	0.98
228	0.28	0.07	0.58	0.07	G	0.58
229	0	0	1	0	G	1
230	1	0	0	0	A	1
231	0.68	0.01	0.29	0.01	A	0.68
232	0.83	0.09	0.05	0.03	A	0.83
233	0.06	0.76	0.1	0.08	C	0.76
234	0.24	0.25	0.28	0.23	G	0.28
235	0.31	0	0.68	0	G	0.68
236	0	0	0	1	T	1
237	0.11	0.3	0.14	0.45	T	0.45
238	0	0	1	0	G	1
239	1	0	0	0	A	1
240	0.11	0.01	0.87	0.01	G	0.87
241	0.05	0.07	0.13	0.75	T	0.75
242	0.04	0.03	0.01	0.92	T	0.92
243	0.05	0.3	0.05	0.6	T	0.6
244	0	0	1	0	G	1
245	0	1	0	0	C	1
246	0.16	0.38	0.18	0.29	C	0.38
247	0.17	0.03	0.78	0.03	G	0.78
248	0.46	0.29	0.15	0.09	A	0.46
249	0.05	0.48	0.05	0.42	C	0.48
250	1	0	0	0	A	1
251	1	0	0	0	A	1
252	0.99	0	0.01	0	A	0.99
253	0.38	0.13	0.32	0.17	A	0.38
254	0.25	0.28	0.31	0.15	G	0.31
255	0.08	0.55	0.08	0.3	C	0.55
256	0.2	0.04	0.73	0.03	G	0.73
257	0.26	0.37	0.14	0.22	C	0.37
258	0.26	0.18	0.39	0.17	G	0.39
259	0	0.9	0	0.09	C	0.9
260	0	0	0	1	T	1
261	0.29	0.04	0.62	0.04	G	0.62
262	0.95	0.01	0.04	0	A	0.95
263	0.16	0.48	0.13	0.23	C	0.48
264	0.21	0.26	0.26	0.26	T	0.26
265	0.08	0.59	0.08	0.25	C	0.59
266	0.01	0.8	0.01	0.19	C	0.8
267	0.39	0.09	0.44	0.09	G	0.44
268	0	0	1	0	G	1
269	0.1	0.02	0.01	0.87	T	0.87
270	0.35	0.05	0.55	0.05	G	0.55
271	0.35	0.04	0.58	0.02	G	0.58
272	0.83	0.02	0.08	0.07	A	0.83
273	0.28	0.14	0.42	0.16	G	0.42
274	0.04	0.02	0.92	0.02	G	0.92
275	0.01	0.94	0.01	0.04	C	0.94
276	0.05	0.41	0.05	0.5	T	0.5
277	0	0	0	1	T	1
278	1	0	0	0	A	1
279	0.01	0.3	0.01	0.69	T	0.69
280	0.23	0.69	0.04	0.04	C	0.69
281	0.05	0	0.95	0	G	0.95
282	0.09	0.53	0.1	0.28	C	0.53
283	0	0	1	0	G	1
284	1	0	0	0	A	1
285	0	0.06	0	0.93	T	0.93
286	0	0	0.99	0	G	0.99
287	1	0	0	0	A	1
288	0.98	0	0.02	0	A	0.98
289	1	0	0	0	A	1
290	0	1	0	0	C	1
291	0.04	0.49	0.04	0.44	C	0.49
292	0	0	1	0	G	1
293	1	0	0	0	A	1
294	0.01	0.85	0.01	0.14	C	0.85
295	0	1	0	0	C	1
296	0	0	1	0	G	1
297	0.13	0.4	0.15	0.32	C	0.4
298	0	0	1	0	G	1
299	1	0	0	0	A	1
300	0.5	0	0.49	0	A	0.5
301	0.02	0.02	0	0.96	T	0.96
302	0.01	0.04	0.01	0.95	T	0.95
303	0.03	0.33	0.03	0.6	T	0.6
304	0	0.52	0	0.47	C	0.52
305	0	0	0	1	T	1
306	0.11	0.44	0.28	0.18	C	0.44
307	0.79	0.07	0.1	0.04	A	0.79
308	0.14	0.06	0.78	0.02	G	0.78
309	0.08	0.45	0.08	0.39	C	0.45
310	0	0	1	0	G	1
311	0	0	1	0	G	1
312	0.13	0.35	0.16	0.36	T	0.36
313	0.2	0.41	0.15	0.24	C	0.41
314	0.93	0.01	0.06	0.01	A	0.93
315	0.41	0.11	0.39	0.09	A	0.41
316	0	0	0	0	-	0
317	0	0	0	0	-	0
318	0	0	0	0	-	0
319	0	0	1	0	G	1
320	0	0	1	0	G	1
321	0.09	0.3	0.12	0.48	T	0.48
322	0.01	0	0.98	0	G	0.98
323	0.99	0	0.01	0	A	0.99
324	0.49	0.01	0.49	0.01	G	0.49
325	0.95	0.01	0.04	0	A	0.95
326	0.04	0.84	0.04	0.08	C	0.84
327	0.22	0.33	0.19	0.26	C	0.33
328	0	0.96	0.01	0.02	C	0.96
329	0.48	0.07	0.17	0.27	A	0.48
330	0.15	0.21	0.23	0.41	T	0.41
331	0.03	0.84	0.03	0.1	C	0.84
332	0.74	0.03	0.11	0.12	A	0.74
333	0.23	0.23	0.39	0.15	G	0.39
334	0.08	0.26	0.46	0.2	G	0.46
335	0	0	0	1	T	1
336	0.18	0.34	0.19	0.29	C	0.34
337	0.46	0.13	0.31	0.1	A	0.46
338	0.72	0.03	0.23	0.03	A	0.72
339	0.26	0.26	0.29	0.19	G	0.29
340	0.08	0.1	0.79	0.03	G	0.79
341	0.76	0.19	0.03	0.02	A	0.76
342	0.66	0.11	0.17	0.06	A	0.66
343	0	0	1	0	G	1
344	0	0	1	0	G	1
345	0.1	0.51	0.11	0.28	C	0.51
346	0.95	0.02	0.03	0	A	0.95
347	0.99	0	0.01	0	A	0.99
348	0.14	0.41	0.18	0.27	C	0.41
349	0.06	0	0.93	0	G	0.93
350	0	0	0	1	T	1
351	0.16	0.14	0.61	0.09	G	0.61
352	0.02	0.26	0.69	0.03	G	0.69
353	0	0.02	0	0.98	T	0.98
354	0.27	0.16	0.39	0.18	G	0.39
355	0.95	0	0.05	0	A	0.95
356	0	0	0	1	T	1
357	0.03	0.3	0.06	0.62	T	0.62
358	0	0	0	1	T	1
359	0	0.01	0.02	0.97	T	0.97
360	0.01	0.35	0.01	0.64	T	0.64
361	0	0	1	0	G	1
362	1	0	0	0	A	1
363	0.41	0.17	0.24	0.19	A	0.41
364	1	0	0	0	A	1
365	0.98	0	0.01	0	A	0.98
366	0	0.85	0	0.14	C	0.85
367	0.12	0.54	0.15	0.19	C	0.54
368	0.99	0	0	0	A	0.99
369	0.01	0.69	0.01	0.29	C	0.69
370	0.03	0.02	0.95	0	G	0.95
371	1	0	0	0	A	1
372	0.29	0	0.7	0	G	0.7
373	0	0	1	0	G	1
374	0	1	0	0	C	1
375	0.28	0.24	0.26	0.22	A	0.28
376	0	0.08	0	0.91	T	0.91
377	0.99	0	0	0	A	0.99
378	0	0.98	0	0.02	C	0.98
379	0	1	0	0	C	1
380	0	0	1	0	G	1
381	0.26	0.27	0.26	0.2	C	0.27
382	0	0	0	1	T	1
383	0	0	0	1	T	1
384	0.01	0.34	0.01	0.64	T	0.64
385	0.69	0.07	0.18	0.06	A	0.69
386	0.11	0.47	0.07	0.34	C	0.47
387	0.06	0.78	0.06	0.1	C	0.78
388	0.06	0.12	0.56	0.25	G	0.56
389	0.1	0	0.9	0	G	0.9
390	0.17	0.35	0.14	0.34	C	0.35
391	0.16	0.03	0.74	0.06	G	0.74
392	0.48	0.16	0.33	0.03	A	0.48
393	0.14	0.35	0.13	0.38	T	0.38
394	0.45	0.04	0.48	0.04	G	0.48
395	0.83	0.01	0.15	0.01	A	0.83
396	0.01	0.96	0	0.03	C	0.96
397	0.1	0.37	0.48	0.05	G	0.48
398	0.69	0.06	0.23	0.02	A	0.69
399	0.28	0.2	0.33	0.19	G	0.33
400	0	0	1	0	G	1
401	0	0.01	0	0.99	T	0.99
402	0.42	0.13	0.34	0.11	A	0.42
403	0	0	0	0	-	0
404	0	0	0	0	-	0
405	0	0	0	0	-	0
406	0	0	0	0	-	0
407	0	0	0	0	-	0
408	0	0	0	0	-	0
409	0.78	0.1	0.08	0.04	A	0.78
410	0.3	0	0.7	0	G	0.7
411	0.54	0.12	0.26	0.08	A	0.54
412	1	0	0	0	A	1
413	1	0	0	0	A	1
414	0.93	0	0.06	0	A	0.93
415	0	0	1	0	G	1
416	0	0	0	1	T	1
417	0.11	0.29	0.5	0.1	G	0.5
418	0.16	0	0.84	0	G	0.84
419	0	0	0	1	T	1
420	0.11	0.05	0.75	0.08	G	0.75
421	0	0.96	0	0.04	C	0.96
422	0	0	0	1	T	1
423	0.14	0.48	0.08	0.3	C	0.48
424	0.99	0	0.01	0	A	0.99
425	0.96	0.02	0.02	0	A	0.96
426	0.73	0.14	0.08	0.05	A	0.73
427	0	0	1	0	G	1
428	0	0	0	1	T	1
429	0.25	0.17	0.45	0.14	G	0.45
430	1	0	0	0	A	1
431	0	1	0	0	C	1
432	0.03	0.75	0.03	0.19	C	0.75
433	0.76	0	0.24	0	A	0.76
434	0	0	0	1	T	1
435	0.05	0.39	0.05	0.51	T	0.51
436	0	0	1	0	G	1
437	1	0	0	0	A	1
438	0.97	0	0.03	0	A	0.97
439	0	0	1	0	G	1
440	1	0	0	0	A	1
441	0.02	0.51	0.01	0.46	C	0.51
442	0.09	0	0.91	0	G	0.91
443	0	0	0.99	0	G	0.99
444	0.01	0.56	0.02	0.4	C	0.56
445	0	0	0	1	T	1
446	0.99	0	0.01	0	A	0.99
447	0	0.09	0	0.91	T	0.91
448	0	0	0	1	T	1
449	0	0	0	1	T	1
450	0	0.98	0	0.01	C	0.98
451	0	0.95	0.01	0.04	C	0.95
452	0	0.01	0	0.99	T	0.99
453	0.29	0.17	0.29	0.25	G	0.29
454	1	0	0	0	A	1
455	1	0	0	0	A	1
456	0.01	0.55	0.01	0.43	C	0.55
457	1	0	0	0	A	1
458	1	0	0	0	A	1
459	0.98	0	0.01	0	A	0.98
460	0	0	0	1	T	1
461	1	0	0	0	A	1
462	0.93	0	0.07	0	A	0.93


The most probable ancestral DNA sequence is:
ATGATCATTTTCGATAACTTAGAAGAGTTTCAGCGCGTTTTTCGTGAGGGGAAAAAATGGCAGCGCTGTATGGAGGCCATCAATAACATCGACAATATCAAGCCTGATGTGACTTATTCGATTGGCGATTCGCTGGTTTATCGCCTTGAGACTGGCACCGCGCAGCCGGACGCGCTGTTTGAGGGCAACCGCCGTTATTTTGATGTGCATTACTACCTGGAGGGGCAGGAAACGGTTGAGTTTGCCGACAAAAGCGCGCTGACTCCGGTGGAGGCTTATCGCGATGAAACCGACCGCGAATTTCTCAGCGGTCAA---GGTGAGACCCATCAGGTCAAGGAAGGCAACGTGGTGATTTTTGAAAACCACGAGGCATACCGCTTTACCGGCGATGACGAGGTA------AGAAAAGTGGTGCTCAAAGTGACCATTGAAGACGGCTATTTCCTGAACAAATAA

The most probable DNA sequence without gaps is:
ATGATCATTTTCGATAACTTAGAAGAGTTTCAGCGCGTTTTTCGTGAGGGGAAAAAATGGCAGCGCTGTATGGAGGCCATCAATAACATCGACAATATCAAGCCTGATGTGACTTATTCGATTGGCGATTCGCTGGTTTATCGCCTTGAGACTGGCACCGCGCAGCCGGACGCGCTGTTTGAGGGCAACCGCCGTTATTTTGATGTGCATTACTACCTGGAGGGGCAGGAAACGGTTGAGTTTGCCGACAAAAGCGCGCTGACTCCGGTGGAGGCTTATCGCGATGAAACCGACCGCGAATTTCTCAGCGGTCAAGGTGAGACCCATCAGGTCAAGGAAGGCAACGTGGTGATTTTTGAAAACCACGAGGCATACCGCTTTACCGGCGATGACGAGGTAAGAAAAGTGGTGCTCAAAGTGACCATTGAAGACGGCTATTTCCTGAACAAATAA

The accuracy score for that sequence is 0.78673289183223

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable bases.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 4.26846706281733e-59.
The natural log of that probability is -134.401265725547.

Ancestral Protein Sequence:
Column headings:
MPAA = most probable amino acid, pMPAA = probability of MPAA
MPAA2 = second most probable amino acid, pMPAA2 = probability of MPAA2
Ratio = pMPAA/pMPAA2,  Unreliable means Ratio <1.5

MPAA	pMPAA	MPAA2	pMPAA2	Ratio
M	1	A	0	9999	
I	0.9702	T	0.01	97.02	
I	0.6806	M	0.1394	4.88235294117647	
F	0.6478	L	0.3322	1.95003010234798	
D	0.718536	N	0.202664	3.54545454545455	
N	0.688842	S	0.174636	3.94444444444444	
L	0.981	F	0.019	51.6315789473684	
E	0.435798	A	0.2046	2.13	
E	0.864	D	0.096	9	
F	0.99	L	0.02	49.5	
Q	0.854756	K	0.067228	12.7142857142857	
R	0.313016	H	0.18144	1.72517636684303	
V	0.539055	I	0.2376	2.26875	
F	0.6887	Y	0.2619	2.62962962962963	
R	0.9801	H	0.008019	122.222222222222	
E	0.244296	D	0.220806	1.1063829787234	Unreliable
G	0.99	A	0	9999	
K	0.34293	R	0.21897	1.566104945883	
K	1	A	0	9999	
W	1	A	0	9999	
Q	0.902286	H	0.067914	13.2857142857143	
R	1	A	0	9999	
C	0.99	W	0.01	99	
M	0.355	I	0.3479	1.02040816326531	Unreliable
E	0.99	A	0	9999	
A	0.99	R	0	9999	
I	1	A	0	9999	
N	0.731313	K	0.158598	4.61111111111111	
N	0.99	A	0	9999	
I	0.5917	L	0.2594	2.28103315343099	
E	0.3003	D	0.2772	1.08333333333333	Unreliable
N	0.319872	Y	0.267648	1.19512195121951	Unreliable
I	0.99	V	0.0101	98.019801980198	
K	0.423225	Q	0.192375	2.2	
P	0.970004	L	0.00993	97.6841893252769	
D	0.785862	G	0.1881	4.17789473684211	
V	1	A	0	9999	
T	0.439855	A	0.189476	2.32142857142857	
Y	0.9108	H	0.0792	11.5	
S	1.01	A	0	9999	
I	0.8554	V	0.09	9.50444444444445	
G	1.01	A	0	9999	
D	1	A	0	9999	
S	1	A	0	9999	
L	1	A	0	9999	
V	0.6768	I	0.231616	2.92207792207792	
Y	0.98	X	0.02	49	
R	0.99	A	0	9999	
L	0.6261	V	0.22	2.84590909090909	
E	0.577854	D	0.135546	4.26315789473684	
T	0.2475	A	0.2376	1.04166666666667	Unreliable
G	0.7238	D	0.153972	4.7008547008547	
T	0.3403	A	0.2822	1.20588235294118	Unreliable
A	0.3344	G	0.2432	1.375	Unreliable
Q	0.2212	K	0.15168	1.45833333333333	Unreliable
P	0.6216	S	0.101264	6.13841049138884	
D	0.350343	E	0.172557	2.03030303030303	
A	0.5824	E	0.129402	4.50070323488045	
L	0.47544	Q	0.087465	5.43577430972389	
F	0.93	L	0.07	13.2857142857143	
E	0.331169	V	0.2403	1.37814814814815	Unreliable
G	1	A	0	9999	
N	0.7524	K	0.178695	4.21052631578947	
R	1.01	A	0	9999	
R	1	A	0	9999	
Y	0.98	X	0.02	49	
F	0.9801	L	0.0299	32.7792642140468	
D	0.626076	E	0.303831	2.06060606060606	
V	0.99	A	0	9999	
H	0.9801	Q	0.0198	49.5	
Y	0.99	A	0	9999	
Y	0.8084	C	0.1128	7.16666666666667	
L	0.9762	F	0.0039	250.307692307692	
E	0.7254	D	0.2139	3.39130434782609	
G	1	A	0	9999	
Q	0.530964	E	0.12642	4.2	
E	0.97	D	0.02	48.5	
T	0.6308	P	0.0684	9.22222222222222	
V	0.68	I	0.2666	2.55063765941485	
E	0.98	D	0.02	49	
F	0.621	L	0.1334	4.6551724137931	
A	1.01	R	0	9999	
D	0.32292	A	0.2262	1.42758620689655	Unreliable
K	1	A	0	9999	
S	0.148206	T	0.107464	1.37912231072731	Unreliable
A	0.2701	V	0.1606	1.68181818181818	
L	0.9729	F	0.0072	135.125	
T	0.45144	I	0.159505	2.8302561048243	
P	0.47672	S	0.202144	2.35831882222574	
V	0.87	E	0.09	9.66666666666667	
E	0.33698	K	0.20335	1.65714285714286	
A	0.873448	T	0.037976	23	
Y	0.99	X	0.02	49.5	
R	0.697015	S	0.176985	3.93827160493827	
D	0.99	A	0	9999	
E	0.99	A	0	9999	
T	1.01	A	0	9999	
D	0.99	E	0.02	49.5	
R	1	A	0	9999	
E	0.99	A	0	9999	
F	0.84816	L	0.07353	11.5348837209302	
L	0.7085	F	0.2914	2.43136582017845	
S	0.520008	R	0.153192	3.39448535171549	
G	1	A	0	9999	
Q	0.30504	X	0.184464	1.65365599791829	
	0	-	0	0
G	0.99	A	0	9999	
E	0.950796	D	0.019404	49	
T	0.798	I	0.06156	12.962962962963	
H	0.285696	L	0.261252	1.09356483395342	Unreliable
Q	0.385392	H	0.236208	1.63157894736842	
V	0.46	L	0.334	1.37724550898204	Unreliable
K	0.18216	N	0.14904	1.22222222222222	Unreliable
E	0.498332	A	0.1501	3.32	
G	1	A	0	9999	
N	0.63954	K	0.30096	2.125	
V	0.93	M	0.0366	25.4098360655738	
V	0.6762	L	0.274204	2.46604717655468	
I	0.9025	M	0.057	15.8333333333333	
F	0.9603	C	0.0198	48.5	
E	0.65	D	0.36	1.80555555555556	
N	0.9702	S	0.0099	98	
H	0.523908	Y	0.184338	2.8421052631579	
E	0.9405	K	0.0297	31.6666666666667	
A	1	R	0	9999	
Y	0.9009	H	0.0792	11.375	
R	0.99	A	0	9999	
F	0.98	L	0.02	49	
T	0.3243	I	0.220524	1.47058823529412	Unreliable
G	0.504	C	0.15525	3.2463768115942	
D	0.259296	G	0.2442	1.06181818181818	Unreliable
D	0.394416	N	0.369765	1.06666666666667	Unreliable
E	0.202032	Q	0.155733	1.2972972972973	Unreliable
V	0.99	A	0.01	99	
	0	-	0	0
	0	-	0	0
R	0.5068	K	0.1872	2.70726495726496	
K	0.99	A	0	9999	
V	1	A	0	9999	
V	0.8316	M	0.12	6.93	
L	0.9688	F	0.0312	31.0512820512821	
K	0.769824	N	0.180576	4.26315789473684	
V	1.01	A	0	9999	
T	1	A	0	9999	
I	0.722	V	0.24	3.00833333333333	
E	1	A	0	9999	
D	0.97	E	0.03	32.3333333333333	
G	0.891891	S	0.085536	10.4270833333333	
Y	0.99	C	0.01	99	
F	0.99	A	0	9999	
L	0.963468	F	0.016632	57.9285714285714	
N	0.98	K	0.02	49	
K	0.99	A	0	9999	
X	1	A	0	9999	


The most probable ancestral protein sequence is:
MIIFDNLEEFQRVFREGKKWQRCMEAINNIENIKPDVTYSIGDSLVYRLETGTAQPDALFEGNRRYFDVHYYLEGQETVEFADKSALTPVEAYRDETDREFLSGQ-GETHQVKEGNVVIFENHEAYRFTGDDEV--RKVVLKVTIEDGYFLNKX

The most probable ancestral protein sequence without gaps is:
MIIFDNLEEFQRVFREGKKWQRCMEAINNIENIKPDVTYSIGDSLVYRLETGTAQPDALFEGNRRYFDVHYYLEGQETVEFADKSALTPVEAYRDETDREFLSGQGETHQVKEGNVVIFENHEAYRFTGDDEVRKVVLKVTIEDGYFLNKX

The accuracy score for that sequence is 0.763972715231788

The accuracy score is defined as the average probability of
the most probable amino acids.  It is NOT the probability that the
most probable sequence is correct.  That probability is 5.26937710393253e-24
The natural log of that probability is -53.6001300728868.

